Arah kebijakan nasional Kementerian Agama disusun berdasarkan keputusan Menteri Agama RI Nomor 39 tahun 2015 tentang Rencana Strategis Kementerian Agama Tahun 2015-2019. Arah kebijakan Kementerian Agama ini meliputi bidang pendidikan dan strategi sebagai berikut;

1. Meningkatkan sistem dan standar penerimaan mahasiswa baru.
2. Meningkatkan kualitas tenaga akademik (dosen dan peneliti)melalui program pendidikan pascasarjana (S2/S3);
3. Peningkatan anggaran penelitian dan publikasi ilmiah untuk mendukung kegiatan peningkatan re akreditasi.
4. Penjaminan mutu dalam penyelenggaraan perguruan tinggi melalui peningkatan efektivitas proses akreditasi institusi dan program studi perguruan tinggi.
5. Peningkatan keahlian dan keterampilan lulusan perguruantinggi yang bersertifikat untuk memperpendek masa tunggu bekerja (job seeking period).
6. Penguatan institusi perguruan tinggi dengan membangun pusat keunggulan di bidang ilmu dan kajian tertentusebagai perwujudan mission differentiation, yang didasarkanpada kapasitas kelembagaan.
7. Peningkattan akses beasiswa/bantuan pendidikan bagi mahasiswa berprestasi.
8. Meningkatkan dan pemanfaatan sumber dana pinjaman/hibah luar dan dalamnegeri serta dana pendamping bagi pengembanganperguruan tinggi keagamaan.
9. Peningkatan akreditasi minimal B bagi prodi dan perguruan tinggi keagamaan.
10. Meningkatkan pelayanan bagi dosen dan tenaga kependidikan.